孕卵异常所致的流产，占自然流产半数以上，尤其是在早期流产中。有人分析了1000例流产后发现，孕卵异常占48%。经病理分析后发现，其中63%是卵子发育不良，受精卵早期分裂、蜕变，以致流产。孕卵异常是由于精子或卵子的缺陷，或两者均有缺陷所致。在妊娠早期，与母体缺乏维生素、叶酸、透明质酸酶等物质，妨碍了孕卵的正常发育有关。

有人在剖宫终止妊娠的羊水标本中发现并不含前列腺F2或F2a，而在自然流产的羊水标本中，这两种前列腺素的浓度却都很高，前列腺素样活性物质还存在于孕妇的外周静脉血中。由此证明，自然流产时高频率的宫缩是由内源性前列腺素所造成的。

自然流产胎儿经染色体研究发现，60%有核型异常。核型异常者，每每伴有胎儿或胎盘等一种结构上的异常。

雌激素过多与孕酮不足，是早期流产的原因。因为在妊娠12~14周时正处于胎盘形成代替妊娠黄体功能时期，此时容易内分泌失调。此外，甲状腺素缺乏，使细胞的氧化过程受到障碍，以及甲状腺功能亢进和糖尿病等，均可导致流产发生。

早期妊娠时，蜕膜炎可使底膜出血或增生，绒毛膜上皮细胞或蜕膜细胞被溶解，绒毛内血管阻塞，影响营养物质的吸收与运送，使孕卵从附着处分离、出血而流产。胎盘的巨大梗塞，可降低胎盘功能，影响胎儿生存，以致流产。此外，前置胎盘、胎盘绒毛水肿变性，也可造成流产。

由于以往妊娠或输血RH因子、不合的ABO血型因子在母体内产生抗体，当此次妊娠由胎盘进入胎儿体内与红细胞凝集而产生溶血，以致流产。

子宫畸形，如双角子宫、子宫腔纵膈等，常是流产的原因。患了子宫肌瘤，尤其是粘膜下肌瘤，或得了嵌顿在骨盆腔中的卵巢囊肿，也可影响胎儿发育而导致流产。子宫颈口的松弛，易造成习惯性流产。

这种病变，可使绒毛血管退化，从而造成流产。

过度紧张、恐惧，严重精神刺激，均可引起流产。

如急性严重传染病，慢性疾病（如严重贫血、严重高血压、心脏病，慢性肾炎等），维生素缺乏（尤其是维生素E缺乏），以及汞、铅、酒精等慢性中毒，均可造成流产。